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医经诊法类包括《内经》、《伤寒论》、《脉经》的片断和托名张仲景的《五脏论》以及《玄感脉经》、《不知名脉法残片》、《明堂五脏论》等13种。内容涉及五脏、经脉、俞穴的生理病理,有些是对《内经》等古籍的进一步补充和发挥,有些则是与传世古医籍不同的理论。如P·3477《玄感脉经》有:“九脏者,形脏四,头角、耳目、口齿、胸中也;神脏五,……”。明确指出“头角”的功能是“识精之主”。关于P·2115卷子,马继兴在《敦煌医药文献辑校》和《敦煌古医籍考释》将本卷子定名为《张仲景五脏论》,丛春雨则定名为张仲景《五藏论》,赵健雄将书名厘定为张仲景《五脏论》。关于本卷子撰著年代,马继兴根据文中内容考为六朝末,抄写年代据避讳字认为在唐代初期七世纪;赵健雄认为撰著年代在隋或唐代;谭宗达、褚谨翔认为撰著年代为唐朝。
2、医术医方类卷子
医术医方类古籍有42种,大多不知书名及撰者,记载1000余首医方。内容广泛,涉及内、外、妇、儿、五官、皮肤,此外还有大量美容长寿方;外治法诸如贴敷、熏洗、摩膏、溻渍等数十种。充分体现了防治一体的学术思想。考察医方年代,认为其中除个别是见于前代医学方书的古方外,多是六朝隋唐医家通过临床验证的有效验方(包括单验方)。如在《辅行诀脏腑用药法要》中五首救卒死中恶方,有用硝石、雄黄散剂着舌下治疗中恶、急心痛、手足厥冷等急救措施,早于西方硝酸甘油舌下含服治疗急性心肌梗死千年。
3、针灸类卷子
敦煌针灸类卷子共有6种,原卷缺书名标题及撰人。但S·6168,S·6262据马继兴考证出自唐季昔。此卷子系将灸法治疗所用经穴,分别贴记在多幅人体图上。P·2675,卷子首题《新集备急灸经》,根据考证知其原初刊于唐代。该卷为写绘本,卷子正、背两面连续写绘,马继兴将正面称之为甲卷,背面称之为乙卷予以研究。P·3247,正、背两面书写,马继兴称其为《人神流注》残卷,原撰人及撰年均不详,据考证本卷子抄写年代晚于公元926年。《灸法图》、《灸经明堂》撰写人及撰绘年代均无从考证,但根据字体、文体、封存时间等,其撰著年代多系唐代或是唐以前作品。
4、本草类卷子
本草类卷子有4类8种。龙·530为梁·陶弘景《本草经集注》。唐·苏敬等《新修本草》四种为S·4534,名为新修本草;P·3714的新修本草以及编号为P·3822的新修本草和新修本草许里序例。此外,还有《食疗本草》一卷,编号为S·76;《残本草》一卷,卷号为S·5968。前三种手抄本都有部分佚文保存于传世古医书中,而后一种卷子脱失较多,经考证多不见传本问世。
5、藏医药类卷子
敦煌古藏医药卷子有5种。编号分别为P·T1057、P·T1044、P·T127、P·18·017以及India office 56.57。其主要内容为火灸疗法和灸法图,为研究藏医药起源提供了宝贵资料。
6、道家类医药卷子
道医药卷子有5种。编号分别为P·3043、P·4038、S·5795、S·2438以及罗振玉家藏的《疗服石方》。卷子的书名、撰著年代以及抄写年代不明,属于古佚书佚文类。其中《绝谷仙方》从避讳字角度考察其抄写年代约为公元874~994年间;《道家养生方》抄写年代为公元684年以后,是唐代写本;《残辟谷方》抄写于唐代;《服气休粮及妙香丸子方》抄写于公元684年以前;《疗服石方》也为公元684年以前的唐代写本。
7、佛家类医药卷子
佛家类医药卷子有9种。编号分别为P·2665、P·3230、P·3777、P·3244、P·2637、P·2703、P·3916以及S·6107、S·5598。原卷多残缺不全,据考多为隋唐时代作品。