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明、清两代的医学分科,基本上沿袭元代,但是由于清代封建礼教的严重束缚,封建统治者认为针刺与火灸“有伤皇帝的身体”,而一些封建士大夫也跟着嚷嚷说施行针灸“有伤大雅”。所以到19世纪20年代,清政府命令"太医院"永远废止针灸术。然而,针灸由于具有价廉、方便、有效的特点,在民间仍广泛得到流传。
新中国成立后,中医的分科更有所发展。除了内科、外科、伤骨科、妇产科、小儿科、眼科、耳鼻咽喉科、针灸科、按摩推拿科等等外,还成立了皮肤科、气功科,并且根据某些常见病和多发病的特点,特辟了痔科、小儿麻痹症科、肝炎科、肿瘤科等等。
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