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“瞬索”让DNA复杂性问题迎刃而解


注意阅读时间,健康用眼! 2013-10-01   中医诊疗网  www.zlnow.com


    国立遗传研究所(NIG),也叫做Idenken,创建于1949年。在日本,Idenken是一所进行基因研究的跨院校研究机构。在它的生物信息中心,Idenken负责运行DNA数据银行(DNA Data Bank of Japan,缩写为CIB-DDBJ),该银行作为一个服务于基因研究的中心。NIG与欧洲的分子生物实验室,美国国家健康研究所,管理着世界三个主要的DNA数据银行。

    非同一般的复杂性    
    Idenken的数据库现在存储着3500万条记录,包括398亿组DNA模型(相当于200年的报纸数据),并且数据还以爆炸速度增长—每年要翻一番。每天,有超过一万名用户访问该数据库,一个更快的DNA数据库对于Idenken在今日世界生物技术研发的激烈竞争中,获取并保持领先地位至关重要。迫在眉睫的数据增长,不同寻常的用户数量,对于灵活查询结构的需求和更快的响应时间都要求Idenken增强其现有系统。

    基于“瞬索”的下一代生物数据库系统
    Idenken和富士通合作开发下一代的数据库系统。目标是为生物技术的后基因组时代开发一个研究与业务平台,这个平台目前被认为是该领域的事实标准。

    新系统基于富士通的“瞬索数据搜索引擎”,该产品是十多年研究成果的结晶,为Idenken提供了支持大量用户、访问海量数据的解决方案。在提供了世界上最快搜索性能的同时,它也延伸了搜索请求的灵活性。

    通过操作和抽取关于身体部件数据,比如器官、组织、细胞和分子,系统可以进行前所未有的深入研究。它也使得个性化的医药成为可能。个性化医药有可能治愈癌症高血压糖尿病和其他疾病,同时也可以缩短新药的开发周期。在这个普适计算时代,基于“瞬索数据搜索引擎”的新系统,在健康医疗领域,将使我们离前所未有的成就更近一步。

    领导基因研究进入新时代    
    新系统的原型,安装在Idenken的生物信息中心与日本DNA数据银行, 计划在2004年底向公众开放。以前,系统基于关系型数据库,要执行一个2~3个关键字的查询就需要平均10分钟的时间。而基于“瞬索数据搜索引擎”构建的原型系统,已经将10分钟剧降为5秒钟。

    另外,处理新增加的数据或更新数据的时间也被缩短了。以前的系统在新增数据可以用于搜索之前,需要2~3天时间建立索引。使用“瞬索数据搜索引擎”,这个过程降到了只有一个小时。更新数据马上就可以投入使用,这个特点,对于世界范围研究社区的基因研究过程有实质性的影响。

    什么是瞬索?
    “瞬索XML数据搜索引擎”是富士通公司推出的划时代的创新软件产品,它提供基于XML数据库的快速搜索服务,无需索引,灵活查询各种数据源,可轻松应对海量数据,并降低系统整体成本。

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