慢性扁桃体炎的病因主要在于:慢性扁桃体炎时,隐窝内上皮坏死脱落,细菌及炎性渗出物聚集其中,隐窝可产生小溃疡及瘢痕形成而引流不畅,适于细菌生长繁殖,故感染不易消除。屡发急性扁桃体炎,使机体抵抗力降低或治疗不彻底,则更易转为慢性。本病发生机理尚不清楚,但近年来基于免疫学的观点,认为自身变态反应为引起慢性扁桃体的重要机制。