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消化不良沒有一種特定的病因可以解釋其發病的機轉,部份與胃腸疾病有關;最常見的是消化性潰瘍,或服用非類固醇消炎藥、止痛劑所造成,胃幽門螺旋桿菌則是潰瘍形成的另一個原因。胃食道逆流則是第二個常見的致病因,胃酸逆流至食道引起胸口灼熱感或疼痛。其他如胃炎、食道裂孔疝氣;膽結石、膽囊炎、胰臟炎,嚴重者如胃癌(患者可能伴有解黑便、體重減輕、食量減少等症狀)。50~60%的消化不良找不到任何胃腸道的器官性病變,將它們稱之為"機能性消化不良。
大部份人因吃太多、太快、太多脂肪的食物或喝太多含咖啡因的飲料、辛辣食物、或在情緒不佳的情況下進食都可能引發消化不良;抽煙、喝太多酒,服用對胃有刺激性的藥物都會引起或加重消化不良。部份個案可能是腸胃道神經、肌肉過於敏感,對正常量的胃腸氣體,反應過度或對某些食物敏感而發生症狀。焦慮可以引起消化不良,且因這些病患常有"長噓短嘆"而吞入太多空氣使胃膨脹,打飽嗝,排氣多。焦慮也會使個人對不舒服的耐受力降低,因此一點點的脹氣、疼痛就讓他們感覺十分難過。
很多正常人偶而也有消化不良或胸口灼熱感的經驗,簡單的制酸劑往往就可消除症狀。大多數消化不良的病例也是屬於良性病,只不過常會困擾病人。但是如果症狀持續兩週以上,特別這些不適是新進才發生才發生的,制酸劑無效,已經影響工作,休閒或睡眠;而且如果年齡在45歲以上,有胃病的家族史,有抽煙、喝酒過量的習性,或是經常服用止痛消炎藥者,就應請胃腸科醫師灾巍