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阿奇霉素主要的不良反应为腹痛、恶心、呕吐和腹泻等胃肠道症状,发生率约 9.6%;因不良反应而中止治疗的约0.3%,其次有皮疹等,多数属轻度和中度,不必停药。偶见转氨酶暂时性升高,曾见一过性中性粒细胞减少,但是否与阿奇霉素有关尚未证实。严重的过敏反应如神经血管性水肿和过敏性休克等少见,但仍应注意。用药后应注意耐药菌如真菌引起的二重感染。
无阿奇霉素引起脑炎的报道。
建议行脑脊液检查,查看是否有病原体感染引起的脑炎