任何细菌侵入尿路均有可能引起尿路感染,以大肠杆菌最为常见,约占60%~80%,其次为副大肠杆菌、变形杆菌、克雷白杆菌、产气杆菌、产碱杆菌、粪链球菌、葡萄球菌或绿脓杆菌。偶尔还可由真菌、病毒、寄生虫等致病。上述尿感的致病菌,主要来自肠道平时就有的致病菌,或平素寄生在肠道内的条件致病菌。感染的一般规律是,首次尿路感染,无症状的细菌尿,其致病菌常为大肠杆菌。而在住院期间得的尿路感染,有尿路梗阻者、用过多种抗菌药物者、经导尿或膀胱镜等器械检查者,多为粪链球菌、变形杆菌、克雷白菌等感染。绿脓杆菌尿感尤常见于器械检查后,变形杆菌则多见于泌尿系结石,金黄色葡萄球菌常为血源性感染。近年来发现,血浆凝固酶阴性的金葡菌尿路感染,在生育期妇女多见,其发生多与性生活有关。