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结肠炎病理病变多起于直肠,向上蔓延,近侧界限不定,可止于乙状结肠、降结肠、脾曲、横结肠中部和肝曲,少数止于盲肠,有的侵犯回肠末段,也有的只累及一段结肠,最常见的是在直肠和乙状结肠。初起肠粘膜充血、水肿、变脆、成颗粒状、容易出血。以后生成很多小型脓肿,破溃后形成溃疡。溃疡可形成瘢痕,肠粘膜增厚。有的很多溃疡相互连合成为凹凸不平的大溃疡,严重病例的溃疡广泛,只剩下很少粘膜。这种溃疡常沿结肠的纵轴发展,大溃疡底常可看到环肌。长期反复严重发作病例的溃疡中间剩余粘膜水肿,可生成假性息肉,息肉大小和形状不同,分布广泛,有的似葡萄密集在一处,有的状似石笋;可发生在全部结肠,但很少在直肠。