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近年对乙肝病毒去氧核糖核酸的分子生物学研究,已经有了很大进展。完整的乙肝病毒去氧核糖核酸(HBVDNA)基因是由3200个左右的核苷酸环组成。环由一条长链和一条短链绞扎而成。从固定点形成一个缺口,由恒定长度的双链小分子组成的去氧核糖核酸链称长链(又叫负链);比长链少15%-50%核苷酸,而长度不恒定的另一条链称短链(或叫正链)。
长链的核苷酸序列有4个功能段,称开放读码区,分别被命名为:S区(专管HBsAg的复制)。C区(主管核心抗原HBcAg),P区(主要合成乙肝病毒去氧核糖核酸聚合酶),X区(能合成HBxAg蛋白)。每区都有起始和终止标。各区在病毒复制过程中各司其职,发挥其主要特性。