由于小儿肛瘘管道较为短浅,排脓后症状可很快减轻,并多数可自愈,部分患儿随年龄增长而自愈,因此,一般主张不行手术治疗。每日清洁肛门并坐浴,适当使用抗生素及外用药膏,消炎消肿,控制和减少脓肿的发生,加速自愈。对反复发作不能自愈的患儿,要择期至能承受手术时,再进行手术治疗,手术年龄以5~10岁为宜。