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肛瘘多为一般化脓性感染所致,少数为特异性感染,如结核、克隆病,溃疡性结肠炎更少见。直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘,直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管,但都少见,与一般化脓性肛瘘有明显区别。
肛管直肠周围脓肿有两大类:一类与肛腺及肛瘘有关,称为“原发性急性肛腺肌间瘘管性脓肿”简称“瘘管性脓肿”,较多见;一类与肛腺及肛瘘无关,称为“急性非肛腺性非瘘管性脓肿”,简称“非瘘管性脓肿”较少见。
推测性激素的影响是肛瘘发生的主要原因。在青春期,人体自身的性激素开始活跃,随即一部分皮脂腺,特别是肛腺开始发育增殖,男青年较女性增生明显。由于肛腺分泌旺盛,若加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞,则易感染引起肛腺炎,这可解释男性青壮年为何肛瘘发病率较高。而女性肛管导管较直,不如男性弯曲,分泌物不易淤积,所以女性肛瘘发病率较低。人到老年,与其他皮脂腺普通萎缩的同时,肛腺也随之萎缩,故老年人肛瘘少见。