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肛窦底部有能够分泌液体的肛门腺和肛门腺导管,平时能分泌出粘性液体,润滑大便和保护直肠肛门。由于肛窦像一个漏斗,开口向上张着,粪便和其他脏东西,就很容易积存在窦里,同时也容易被硬的粪便擦伤弄破。细菌侵入之后就会引起肛窦内感染,并沿着肛门腺导管和肛门腺蔓延,所以肛窦炎又是引起多种肛门直肠病的根源,如肛门直肠周围脓肿、肛瘘、肛裂、痔疮、肛乳头炎等,肛管上皮癌的发生,也与慢性肛窦炎症的刺激有关。