肝内胆管结石的诊断有B超、CT、胆道造影、MRCP等。B超是一安全、无创性的首选—线检查。但其对肝内胆管结石的诊断准确率相对较低(约50%),因此还需要更准确的胆道造影等检查进一步确诊。CT可以显示肝内胆管扩张和肝实质改变,并可获得一个有关肝内胆管系统的立体图像。胆道造影主要是指经皮经肝胆道穿刺造影(PTC)、经内镜逆行胆胰管造影(ERCP)等,其诊断准确率较高,是诊断肝内胆道系统病变最有价值的影像学检查,但因为有创性,有一定的并发症。磁共振胆胰管造影(MRCP)是近年来开展的胆道系统检查方法,其特点是无创性和较高的准确率,对肝内胆管结石和胆管狭窄具有重要的诊断价值。