维吾尔医学的基础理论在喀拉□王朝时期提高到新的阶段,它包括四大物质(火、空气、水、土)学说、气质学说和四体液学说等,这些理论指导着临床的医疗实践;根据药物的四种属性──热、寒、干、湿理论调理药性,调整平衡。虽然,喀拉□王朝时期的许多回鹘人的著作未能保留下来,但从当时的《福乐智慧》及元代以后维吾尔医家撰写的许多著作中可以得到证明。