衣原体的发病在规定报告的地方、生殖道衣原体感染在那些经常开展普查的高危人群中及有可靠实验室检查的地方较多 。在西方工业化国家,这种普查相当普遍。衣原体是最常见的可治愈的性传播疾病。在美国每年报告起码有400万病例,生殖道衣原体感染欧洲也起码有300万病例。生殖道衣原体感染亚洲的数据不太完整,但也足以证明在男性和女性尿道炎致病菌中,衣原体要发病率数据还未包括许多无症状性衣原体感染。在西方估计有25-30%的男性衣原体尿道炎是无症状或亚临床的,而7O-80%的女性衣原体宫颈炎亦是如此。对这么大量的匿性传染贮源必须予以治疗并且根治,以杜绝感柒在社区中的传播女性中隐匿性宫颈炎可以上行到上生殖道而导致并发症。的确,衣原体性内膜和输卵管感染很大部分是亚临床的。隐匿性输卵管感染据认为是输卵管性不孕症的最常见病因,在北欧和美国已得到有关数据的证实。衣原体在输卵管性不孕症中的作用,可以从先前感染史中得到证实。许多研究表明,在有输卵管疾病的不孕妇女中,血清抗原阳性率最著高于输卵管无损伤的妇女。