你妈妈的囊肿可能是内膜异位所致,如果囊肿>5cm,建议手术治疗,术后根据病理报告再进一步决定治疗,若是内膜异位囊肿,建议再用激素药物治疗,以免复发。若<5cm,可以定期随访,有增长趋势还是建议手术,如果腹痛是经期痛经,可以试试假孕疗法,缓解痛经。