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鼻咽癌的病因目前还不十分清楚,由于鼻咽部的鼻倥、口腔相通,容易受到外界环境的影响,如长期接触某些化学致癌物(农药、苯煤焦油、机油和级烟等),这些致癌物质直接刺激鼻粘膜,如广东人从小的时候就喜欢吃咸鱼、腌肉等。
近年来发现鼻咽癌与一种疱疹病毒(EB病毒)肖很密切的关系,这是因为在大多数患者有鼻咽癌的病人血清中含有高效价的抗EB病毒的抗体。其致癌的机理尚不明确。
据调查遗传因素,在鼻咽癌的发病率上起到一定的作用,有的患乾的兄弟、姐妹或父母也患鼻咽癌,亦有挛生兄弟相继患鼻咽癌。